Seit 2009 bildet das Ev. Jung-Stilling-Krankenhaus in Siegen gemeinsam mit dem Krankenhaus Bethesda in Freudenberg die Diakonie Klinikum GmbH. Als eine der größten Kliniken im südlichen Nordrhein-Westfalen handelt es sich formal gesehen um ein Krankenhaus mit zwei Standorten. Jährlich werden dort 30 000 Patienten stationär und 46 000 Patienten ambulant behandelt. Darüber hinaus führen die Ärzte im Diakonie Klinikum mehr als 17 000 Operationen durch.

Das Diakonie Klinikum Jung-Stilling in Siegen ist Standort des Rettungshubschraubers Christoph 25 und seit 2016 als überregionales Traumazentrum zertifiziert. Das Krankenhaus verfügt über eine Zentrale Notaufnahme, elf Säle im Zentral-OP, darunter zwei Hybrid-OPs, sowie ein ambulantes OP-Zentrum. Den medizinisch-technischen Bereich prägen ein Da Vinci OP-Roboter, ein Neuro-Navi, drei MRT-Geräte – davon ein 3-Tesla-MRT.

Das Diakonie Klinikum Bethesda in Freudenberg ist eine vergleichsweise kleine, aber hochspezialisierte Einrichtung. Seit 2015 ist das Krankenhaus als EndoProthetik-Zentrum zertifiziert und verfügt zudem über einen der modernsten Operations- und Intensivbereiche sowie ein Schlaflabor. Über die Grenzen von Siegen-Wittgenstein bekannt ist außerdem die Dermatologie mit operativem und konservativem Schwerpunkt.

Die Klinik setzt stets auf fächerübergreifende Zusammenarbeit. Gelungene Beispiele sind unter anderem ein interdisziplinäres Bauch- und Darmzentrum, ein Schädelbasiszentrum, ein Perinatalzentrum Level 1 sowie ein Brustzentrum. Neuer und wachsender Bereich ist die invasive Kardiologie und Elektrophysiologie.